Hornet приспособлен, чтобы использовать большой арсенал вооружения, что позволяет выполнять практически любые задачи, которые ставит командование.
Когда необходимо защищать другие самолеты, находящиеся в эскорте или на боевом патрулировании, самолет может использовать ракеты AIM-9M Sidewinder, AIM-7 Sparrow и AIM-120 AMRAAM (усовершенствованная ракета средней дальности) класса «ВВ». Установленная в носовой части пушка М61А1 Gatling используется как оружие последней надежды, поскольку в идеале самолет будет применять свою мощную БРЛС и AMRAAM достаточно дальнего боя, чтобы уничтожить противника задолго до того, как он подойдет на относительно близкое расстояние 1800 м.
Если F/A-18 должен заниматься подавлением ПВО противника, то тогда, в дополнение к стандартной боевой нагрузке из ракет А1М-7/ АГМ-120 и AIM-9M, подвешиваются AGM-88 HARM. Бортовой приемник системы оповещения о радиолокационном облучении Hornet дополняет чувствительную ГСН HARM при обнаружении эмиссии от РЛС противника, хотя чаще всего используется режим «упреждения», когда уже известные координаты местоположения представляющей угрозу РЛС вводятся в компьютер ракеты перед полетом. Ракета выпускается по позиции в соответствии с согласованностью действий по времени боевого комплекса снаряжения; при этом надеются, что опасная РЛС будет работать в момент, когда HARM станет атаковать ее позицию, а самолет все еще находиться вне зоны определения РЛС режима полета ракеты.
Не требующая особого внимания система управления Hornet делает ее идеальной для использования на самолетах «Голубых ангелов», группы высшего пилотажа ВМС США. Это видно на фото, где показано выполнение маневра «групповая петля в строю «ромб»», подобная усовершенствованная система управления особенно важна для предотвращения столкновений в воздухе!
Для ударов по наземным целям и проникновения в глубь территории противника для изоляции поля боя Hornet адаптирован под многие последние бомбы с наведением через GPS, в том числе GBU-31, GBU-32 и GBU-38 JDAM. Он также может нести кассетные и неуправляемые свободнопадающие бомбы, если того требует задание и тип цели. Для точности нанесения удара и выполнения его вне зоны действия ПВО противника Hornet может использовать мощное вооружение — от простых ракет AGM-65 Maverick до сложных ракет для ударов по наземным целям, выпускаемых вне зоны действия ПВО (SLAM-ER), и тактических ракет AGM-154 JSOW (управляемая планирующая бомба). Опять же, пушку Гатлинга в носовой части можно использовать для уничтожения слабозащищенных целей с бреющего полета, когда недалеко от них находятся свои войска.
И наконец Hornet может нести управляемые беспилотные мишени для дезориентации операторов РЛС противника. Hornet запускали такие мишени в начале войны в Персидском заливе в 1991 г. и во время вторжения в Ирак в 2003 г.