В преддверии войны в Персидском заливе в 1991 г. небольшое количество иракских МиГ-29 рассматривались как главнейшие противники в значительного размера ВВС Саддама Хусейна. Когда в январе-феврале дело дошло до реальных боевых действий в операции «Буря в пустыне», оказалось, что МиГ-29 не смогли противостоять F-15C Eagle ВМС США, которые уничтожили шесть машин, пять из них ракетами AIM-7 Sparrow, а один без единого выстрела. В одном из нескольких маневренных боев войны F-15, пилотируемый капитаном Сисаром А. Родригесом, встретился с иракским МиГ-29 на близкой дистанции в 2500 м.
«Я должен был определить его визуально, — рассказывал Родригес, — и это превратилось в бой с полетом по кругу». Как обычно в таких случаях, при развороте самолеты снизились над пустыней примерно до высоты 100 м, когда летчик МиГа совершил фатальную ошибку — он сделал полубочку с переворотом через крыло, стараясь уйти, но вместо этого врезался в землю.
В конфликте в Косово в 1999 г. Сербия и Черногория смогли оказать лишь символическое противодействие авиационной мощи НАТО, задействованной в операции «Объединенная сила». Во время бомбардировочной кампании сербские истребители смогли сделать всего 11 вылетов, хотя использование ложных целей на аэродроме, включая модели МиГ-29, убедили НАТО в том, что имеется больше истребителей, чем их было на самом деле, и бомбы были напрасно потрачены на деревянные муляжи. Три из пяти МиГ-29, поднявшиеся 24 марта, с нестандартным вооружением, неработающими системами радиолокационного предупреждения и навигации, были сбиты в первую ночь войны, один из них голландским Е16. Один из них стал жертвой ныне подполковника С. Родригеса, одного из нескольких пилотов, одержавшего победы на реактивных самолетах в двух отдельных войнах. Хотя одна система МиГ-29 работала хорошо, все сбитые летчики успешно катапультировались в кресле К-36.
Два дня спустя одному из летчиков успешно удалось покинуть самолет, когда его МиГ-29 оказался одним из двух сбитых ракетами А1М-120, выпущенными с Г-15, второму пилоту катапультироваться не удалось. Еще два МиГ-29 и один летчик были потеряны в воздушном бою в конце войны. Четыре машины оказались поврежденными на земле, одна разбилась в испытательном полете.
Р-16 из авиации национальной гвардии Иллинойса в 2005 г. прибыли в Польшу для проведения учений «Сторожевой сокол» совместно с польскими МиГ-29А.
Польша дополнила парк своих МиГ-29 самолетами Чешской Республики и Германии.
МиГ-29Кбыл продан Индии для использования на «Викрамадития».
В 2008 г. РСК МиГ объявила, что завершился первый этап программы по возвращению примерно пяти сербских оставшихся самолетов в состояние эксплуатационной готовности.
