17 января 1991 г. объединенные силы коалиции, возглавляемые США, начали наступательные операции против иракских войск, незаконно оккупировавших Кувейт в августе 1990 г. 1В операции, названной «Буря в пустыне», участвовало не менее 249 F-16 ВВС США.
В целом Viper совершили более 13 000 боевых вылетов против личного состава, бронетехники и военных целей Ирака. Сюда входила иракская техника, находившаяся в Кувейте и на юге Ирака, а также пусковые установки с ракетами Skud, коммуникации, заводы по производству химических и других изделий военного назначения и аэродромы.
F-16 гордится 95,2%-ным уровнем выполнения боевых заданий, это означает, что 249 Viper почти всегда были готовы для боевых действий и редко не летали из-за выполнения ремонтных работ, их объем увеличился всего на 5% относительно мирного времени.
72 F-16 могли нести контейнеры LANTIRN (маловысотная инфракрасная (ИК) прицельно-навигационная система), аппаратура которых позволяла наносить удары по целям ночью на скорости с малой высоты. Хотя в распоряжении имелась только навигационная система AAQ-13 (полный комплект LANTIRN также включает контейнер AAQ-14 с ИК аппаратурой целеуказания), снаряженные ею F-16 добились большого успеха. Уровень выполнения боевых заданий в случае применения LANTIRN составил 98%.
F-16 осуществили 1300 боевых вылетов, ВВС потеряли пять самолетов: три в результате поражения зенитными управляемыми ракетами (ЗУР), один — из-за преждевременного срабатывания бомбовзрывателя, и один — из-за пожара двигателя.
В десятилетии, последовавшем после прекращения огня и создания над Ираком двух зон, запретных для полетов, F-16 продолжали патрулирование и применялись для карательных воздушных ударов. В марте 2003 г. началась вторая война в Персидском заливе, и Viper снова оказался в гуще событий.
