Чтобы РЛС перехвата воздушной цели при наведении с земли могли передавать данные о цели на F-106 без необходимости речевого инструктажа по радио и обеспечить наведение МА-1А информацией об общем местонахождении цели, использовался канал передачи данных SAGE. По этому поводу Хендерсон заметил: «Мы получали команды о курсе, скорости и высоте с земли, они высвечивались на приборной доске, экране радара и индикаторе тактической обстановки (ИТО)».
Экран радара располагался в верхней части приборной доски на одной линии с целью, на экране радара появится кружок ее обозначения в канале связи размером с 25-центовик, и предполагается, что цель будет в этом кружке. На НТО также появится «мушка» цели.
В учебно-тренировочном Р-106В, в отличие от двухместного ТР-102, где инструктор и курсант сидят рядом друг с другом, использована тандемная компоновка кресел, обеспечивающая хороший обзор.
Хотя бортовая РЛС и поисково-следящая система Р-106 были очень современными для своего времени, она, по словам Зоурба, редко захватывала цели размера истребителя на расстоянии более 36 км, а цели размера бомбардировщика не более чем на 48 км.
«Поем взлета или вылета на перехват по тревоге, когда мы оказываемся в воздухе менее чем через пять минут после воя ревуна, мы должны связаться диспетчером ПВО, подготовить системы вооружения и проверить каналы данных, и если все в порядке, мы начинаем по команды на перехват или координаты точки ожидания. Команды, поступающие по каналам данных, содержат информацию о типе перехвата (в передней или задней полусфере) и перехватываемом объекте (идентифицировать, уничтожить, сделать теневой снимок и т. п.), а небольшой кружок обозначения цели на экране радара покажет, где по азимуту и дальности должна появиться цель. При желании к каналу передачи данных можно подключить автопилот, тогда единственным необходимым действием летчика будет поддержание желаемой скорости, включение радара или ИК сопровождения цели и заряжания/стрельбы из оружия».
ВВС первоначально планировали приобрести 1000 F-106 для оснащения 40 эскадрилий перехватчиков ПВО, но задержка с выпуском Dart значительно уменьшила указанную цифру.
Двумя основными наиболее очевидными физическими отличиями F-102 и F-106 были измененное положение воздухозаборников Dart (сдвинуты назад) и трапециевидное вертикальное оперение.